Urodził się na farmie koło Greenville w południowej Karolinie. Jego wczesna edukacja przebiegała w jednoizbowej szkole. Miał religijną matkę i ojca ateistę, który pił, zdradzał żonę i miał skłonność do przemocy. Gdy John miał 13 lat ojciec uciekł z inną kobietą. Nigdy nie wybaczył ojcu i nawet po latach nie chciał go widzieć na oczy. W młodości bardziej był nastoletnim przestępcą niż przykładnym uczniem. Dwa razy trafił do aresztu za bójki i użycie broni w granicach miasta. W szkole uzyskiwał zaliczenia na najniższych ocenach. W wieku 16 lat zapisał się na związany z Kościołem Baptystów uniwersytet Furman w Greenville z mocnym postanowieniem zostania pastorem (obiecał to matce). Studiował filozofię, matematykę, łacinę i grekę. Gdy kończył magisterium w 1899 roku zmarła matka i poczuł się zwolniony z przyrzeczenia.

Wybrał Uniwersytet w Chicago (będący głównym ośrodkiem psychologii funkcjonalnej w tamtych czasach) by robić doktorat z filozofii u Deweya, ale trafił do Angella i Loeba.
Ambitny, skrajnie wrażliwy na kwestie statusu, całkowicie niezdecydowany jeśli chodzi o wybór zawodu i rozpaczliwie niepewny z powodu braku środków podejmował się różnych aktywności. Pracował jako kelner, opiekun szczurów, dozorca oraz asystent Angella - odpowiedzialny za odkurzanie jego biurka. Pod koniec studiów miał napady ostrego lęku i nie mógł zasnąć bez włączonego światła.

Na studiach zachwycił się wykładami niemieckiego fizjologa Jacquesa Loeba (1859-1924) który opowiadał się przeciw tradycji antropomorfizacji oraz introspekcji przez analogię - jako metody badania psychiki zwierząt.
Loeb rozwiną teorię zachowania się zwierząt i ludzi opartą na pojęciu tropizmu
- mimowolnych wymuszonych ruchów będących automatyczną reakcją na zadziałanie bodźca. Reakcja na bodziec u zwierząt zdaniem Loeba była natychmiastowa, bezpośrednia i automatyczna. Watson słuchał z zainteresowaniem kursów Loeba, ale jego mentor - Angell sugerował, że niewarto pracować u Loeba bo jest "niebezpieczny".

W 1903 - w wieku 25 lat jako najmłodsza osoba (wtedy) zrobił doktorat z psychologii. Praca pt. „Wychowanie zwierząt: rozwój psychiczny białego szczura” zawierała takie terminy jak: „psychika”, „wrażenia”, „wyobrażenia” itp. Jeszcze w pracy z 1907 roku opisywał zachowanie zwierząt w kontekście świadomego przeżywania wrażeń. Dopiero opublikowane badania Oskara Pfungsta (nad Mądrym Hansem) zostały skomentowane przez Watsona z niekłamanym podziwem dla precyzyjności i profesjonalizmu badacza w Journal of Comparative Neurology and Psychology (Watson, 1908).
Mimo ukończenia studiów z wyróżnieniem powiadziano mu, że jego obrona nie była tak dobra jak z przed trzech lat obrona Helen Bradford Thomson Wooley. Watson bardzo to przeżywał i żywił zazdrość do koleżanki.
W tym roku Watson poślubił jedną ze swoich studentek 19letnią Mary Ickes pochodzącą ze znanej i politycznie ważnej rodziny. Podczas jednego z egzaminów napisała wiersz długi miłosny - historia nie wspomina czy zdała egzamin.

Dostał propozycję aby przejść na uniwersytet Johna Hopkinsa w Baltimore i mimo, że nie chciał opuszczać Chicago, to jednak awans go skusił. Było to wyjątkowo owocne 12 lat pracy.

Watson został tam szefem katedry Psychologii oraz redaktorem pisma (Psychological Review) w wieku 31 lat.
Uwielbiali go studenci dedykując mu księgę pamiątkową i wybrali w plebiscycie na najprzystojnieszego profesora.
Na początku kariery chciał badać wpływ alkoholu oraz fimów poświęconych edukcji seksualnej na młodocianych, ale wyperswadowano mu to jako temat niebezpieczny.
W 1908 roku wygłosił referat na zjeździe w Yale, o potrzebie obiektywizacji psychologii. W 1912 na zaproszenie Cattella wygłosił podobny odczyt na Uniwersytecie Columbia, a w końcu w 1913 publikuje słynny manifest behawiorystyczny w redagowanym przez siebie piśmie.

Obiektywizm wyjaśniania przyczyn zachowania według Watsona można było sprowadzić do trzech głównych stwierdzeń:

1. Prawie wszystkie zachowania osobnika, których nie ograniczają możliwości strukturalne, nabywane są w drodze uczenia się w toku całego życia zwierzęcia.

2. Szukając przyczyny zachowania osobnika, należy rozważać tylko czynniki zewnętrzne (bodźce) oraz bezpośrednio obserwowalne zachowanie (reakcje).

3. Wszystkie subiektywne doświadczenia mentalne, w tym procesy świadomego myślenia, muszą być ignorowane z dwóch powodów. Przede wszystkim są to zjawiska wewnętrzne, a więc niemierzalne, na dodatek subiektywne, a to oznacza, że nieporównywalne międzyosobniczo. Poza tym można je uznać za epifenomeny – wtórne i uboczne produkty funkcjonowania układu nerwowego jednostki, które nie wywierają istotnego wpływu na zachowanie.

W 1914 ukazała się jego książka pt. Zachowanie: Wstęp do Psychologii porównawczej. Opowiadał się za akpcetacją użycia zwierząt w badaniach psychologicznych.

Dwa lata póżniej w 1916 został wybrany przewodniczącym APA

Watson chciał aby behawioryzm miał też swoją praktyczną stronę w życiu codziennym, został doradcą personalnym w wielkiej firmie ubezpieczeniowej Prowadził też kurs dla studentów biznesu. W 1917 dla armii wytworzył - testy narzędzia dla doboru pilotów,a po wojnie założył Industrial Service Corporation - consulting dla biznesu.
W 1919 napisal książkę Psychologia z punktu widzenia behawiorysty, zadedykowaną Cattelowi.

Watson zakochał się w kolejnej studentce młodszej o połowe od siebie doktorance i asystentce. Pochodziła z bogatej rodziny w Baltimore która dotowała uniwersytet. Listy miłosne Watsona znalazla jego żona Mary. Wybuchł skandal, który spowodował koniec jego kariery uniwersyteckiej.

Bez pracy i z nakazem płacanie alimentów wysokości 2/3 poprzedniej pensji Watson zaczął pracę w agencji reklamowej Waltera Thompsona z pensją 4 x wyższą.

Dalej "szalał" na wykładach poza akademickich i szerzył idee behawioryzmu w amerykańskim społeczeństwie, które niezmiernie chętnie słuchało słów, które sugerowały, że każdy może być wielki, gdyż tylko środowisko kształtuje nas takimi jakimi jesteśmy.
W1928 opublikował książkę - Psychologiczna opieka nad niemowlęciem i dzieckiem .

Sławę przyniósł mu eksperyment z 11 miesięcznym Albertem, w którym uwarunkował dziecko za pomocą głośnego uderzenia w gong za głową na lęk przed wszystkim co miało sierść lub futro, od żywych zwierząt zaczynając, a kończąc na futrzanych czapkach i maskach.
Kiedy na odczycie przedstawiał wyniki badań Mary Cover Jones zadała pytanie czy da się usunąć strach? (Jones, 1924). Watson nie zdążył odczulić małego Alberta, ale Jones zrobiła to z innym dzieckiem 3 letnim Peterem, który bał się królików. To właśnie Mary Cover Jones uważana jest za prekursorkę terapii behawioralnej.

Ludziom podobał się behawioryzm nie z powodu założeń, tylko z powodu wizji że uda się stworzyć nowoczesne społeczeństwo - gdzie zachowania kształtuje się i kontroluje w sposób naukowy wolny od mitów, przyzwyczajeń i konwenansów.
To co podobało się amerykańskiemu społeczeństwu w behawioryzmie można streścić w słynnym zdaniu, które Watson zapisał w jednej ze swoich książek. Głosił:

"Dajcie mi tuzin zdrowych niemowląt i dostarczcie im to wszystko co składa się na mój własny, szczególny świat, a zapewniam was, że wezmę na chybił trafił jedno z nich i uczynię z niego dowolnego typu specjalistę, czy to będzie lekarz, sędzia, artysta, kupiec, a nawet żebrak czy złodziej, bez względu na jego talenty, skłonności, zadatki i rasę przodków." J.B. Watson, Behawioryzm, s. 163.

Wychowywał dzieci z drugiego małżeństwa w duchu behawioryzmu. Jego żona Rosalie napisała w czasopiśmie Parents artykuł pt. Jestem matką synów behawiorysty, w którym publicznie odżegnywała się od jego metod wychowawczych:

"W niektórych kwestiach chylę czoła przed wielką mądrością tkwiącą w behawioryzmie jako nauce, a w innych się buntuje. W skrytości pragnę, aby pod względem uczuciowym dzieci były nieco bardziej miękkie, gdy dorosną, uroniły czasem łzę nad wierszem czy ludzkim dramatem i były zdolne do romantycznych uniesień [...] Lubię być wesoła i radosna i beztrosko chichotać, a behawioryści uważają chichotanie za oznakę nieprzystosowania." (cyt. Simpson, 2000, s.65).

W 1935 roku Rosalie zaledwie w wieku 37 lat zmarła. Watson był kompletnie zdruzgotany. Zerwał kontakty i przeprowadził się do małego domku na wsi (jak w czasach dzieciństwa).
W 1957 American Psychological Association dała mu wyróżnienie za całokształt działalności, ale w ostatniej chwili nie chciał wyjść na podium odebrać nagrody. Bał się utracenia kontroli i nagrodę odebrał jego syn. Zmarł rok później. Wcześniej spalił wszystkie swoje listy i notatki.

Sam Watson nie mógł się spodziewać się jak wielki wpływ i kontrowersje wywoła w następnych latach dalszy rozwój behawioryzmu, który po dziś dzień jest jedną z wciąż rozwijających się szkół psychologicznych.